Stację towarową, która nadal działała w ramach Dworca Głównego przy Towarowej zlikwidowano w 1961 roku w związku z poszerzeniem ul. Towarowej i budową trasy przelotowej (Towarowa – Pl. Zawiszy – Raszyńska). Do lat sześćdziesiątych na terenie dworca nie prowadzono większych prac budowlanych. Dopiero w roku 1964 DOKP Warszawa przeprowadziła remont generalny. Projektantem częściowej przebudowy dworca był inż. Stanisław Kułakowski. Niestety przy okazji poszerzania ul. Towarowej zburzono wówczas zabytkowy dom ekspedycyjny z 1875 r. Pawilon czołowy został otynkowany. Na wydzierżawionej PZU ścianie od ul. Towarowej umieszczono reklamy.