W latach 1903 – 1914 oraz w okresie międzywojennym stacja towarowa rozbudowywała się w kierunku północnym. Powstawały nowe bocznice, rampy i magazyny. Liczne przeobrażenia przechodziła również w związku z budową linii średnicowej w 1933 r. W czasie II wojny światowej większość obiektów kolejowych na terenie Warszawy została zniszczona .

Jedynymi obiektami kolejowymi, które przetrwały obie wojny światowe w stanie umożliwiającym użytkowanie były zabudowania byłej stacji towarowej Kolei Warszawsko-Wiedeńskiej przy Towarowej. W roku 1945, w celu przywrócenia komunikacji w zniszczonym mieście, przystąpiono do szybkiej i prowizorycznej odbudowy linii kolejowych i budynków dworcowych. W styczniu 1945 r. oddano do użytku dworzec Wileński na Pradze. Pomieszczenia dla podróżnych i obsługi urządzono tam w prowizorycznych barakach. W podobnych warunkach zaczął funkcjonować również dworzec Warszawa Wschodnia. Odbudowano pośpiesznie most kolejowy koło Cytadeli. Pierwsze pociągi ruszyły przez Wisłę w lutym 1945 r.